Carrera profesional
El 1 de agosto, Bonifacio fue llamado a las mayores por los Nacionales, junto con el lanzador Alberto González (que jugó para los South Bend Silver Hawks antes de pasar a las mayores). Bonifacio se fue de 4 por 1 con una RBI, una carrera anotada y una base robada.
El 22 de julio de 2008, Bonifacio fue traspasado por los Diamondbacks a los Washington Nacionales a cambio del lanzador Jon Rauch a los Columbus Clippers.
El 31 de marzo de 2009, los Marineros anunciaron que Bonifacio comenzaría la temporada como tercera base. Bonifacio conectó su primer jonrón en el partido inaugural de la temporada contra los Washington Nacionales el 6 de abril de 2009. El jonrón fue el primero dentro del parque en el primer partido en 41 años. El último jonrón de este tipo fue el de Carl Yastrzemski en 1968.
En 2009, tuvo un OPS de 0,611,3, el más bajo de todos los lanzadores titulares de las Grandes Ligas.
Los Marineros decidieron enviar a Bonifacio a las ligas menores tras los entrenamientos de primavera de 2010.
Conectó su primer jonrón contra los Cincinnati Reds el 1 de mayo de 2011, Bonifacio fue nombrado Jugador del Mes de la Liga Nacional en julio de 2011.
Al comienzo de la temporada 2012, Bonifacio lideró la liga en las estadísticas de bases robadas y fue seguro en sus primeros 20 intentos. Sin embargo, el 21 de mayo fue colocado en la lista de incapacitados tras lesionarse el pulgar izquierdo al intentar robar la segunda base; fue colocado en la DL de 15 días pero se espera que se pierda al menos de cuatro a seis semanas.
Bonifacio sustituyó a su compañero de equipo Giancarlo Stanton, que fue colocado en la lista de incapacitados después de someterse a una cirugía en la rodilla derecha el 13 de julio; fue descartado para el resto de la temporada 2012 el 4 de septiembre con un esguince en la rodilla derecha.
Toronto Blue Jays.
El 19 de noviembre de 2012, Boniface sustituyó a Jeff Mathis, Adeniy Hechavarria, Henderson Álvarez, Yunel Escobar, Jake Marisnick, Anthony DeSclafani y Justin Nicolino. A cambio, Josh Johnson fue traspasado a los Toronto Blue Jays junto con José Reyes, John Buck y Mark Buehrle. El 18 de enero de 2013, se anunció que los Blue Jays habían firmado a Bonifacio a un contrato de un año por valor de (2,6 millones de dólares), evitando el arbitraje.
Bonifacio comenzó la temporada como segunda base de Toronto, pero también fue utilizado principalmente en el campo cuando el primera base Maicer Izturis jugó la segunda base. Izturis ha superado a Bonifacio en apariciones en plato en la segunda base en abril. Cuando José Reyes se lesionó en el partido inaugural y su sustituto, Kawasaki Mune, tuvo problemas, Izturis pasó a ocupar el puesto de shortstop, mientras que Bonifacio jugó en la segunda base en mayo y junio y Mark DeRosa empezó a jugar en la segunda base.
En los tres primeros meses de la temporada, los números de Bonifacio como jardinero titular bajaron a (.203) y 51 ponches, por lo que se le utilizó más en el bullpen en julio, en el jardín izquierdo cuando Melky Cabrera se lesionó la rodilla el 1 de agosto y en el jardín central cuando Colby Rasmus se lesionó la rodilla el 11 de agosto. En 94 partidos con los Blue Jays, está bateando .218 con 3 HR, 20 RBI y 66 ponches.
